A Chemical Genetic Method for Monitoring Genome-Wide Dynamics of <i>O</i>-GlcNAc Turnover on Chromatin-Associated Proteins
Notice bibliographique
Résumé
High Resolution Image Download MS PowerPoint Slide Advances in DNA sequencing are enabling new experimental modalities for studying chromatin. One emerging area is to use high-throughput DNA sequencing to monitor dynamic changes occurring to chromatin. O -Linked N -acetylglucosamine ( O -GlcNAc) is a reversible protein modification found on many chromatin-associated proteins. The mechanisms by which O -GlcNAc regulates gene transcription are of high interest. Here we use DNA precipitation methods to enable monitoring time-dependent turnover of O -GlcNAc modified proteins associated with chromatin. Using an antibody-free chemical reporter strategy to map O -GlcNAc to the genome, we performed time course metabolic feeding experiments with wild-type Drosophila larvae alongside larvae lacking O -GlcNAc hydrolase (OGA), which are accordingly unable to remove O -GlcNAc. Analysis of resulting next-generation DNA sequencing data revealed that O -GlcNAc on chromatin-associated proteins at most genomic loci is processed with a half-life in hours. Notably, loss of OGA only increases this half-life by ∼3-fold. Interestingly, a small set of genomic loci are particularly sensitive to loss of OGA. In addition to these observations and new strategies to permit monitoring turnover of O -GlcNAc on chromatin, we also detail methods for coded blinding of samples alongside new normalization strategies to enable time-resolved, genome-wide analyses using chemical genetic methods. We envision these general methods will be applicable to diverse protein and nucleic acid modifications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».