Expansion of the known distribution of the coastal tailed frog, Ascaphus truei, in British Columbia, Canada, using robust eDNA detection methods
Notice bibliographique
Résumé
The coastal tailed frog (Ascaphus truei) is endemic to the Pacific Northwest of North America and is listed as a species of Special Concern under the Canadian Species at Risk Act. Its range is limited to British Columbia where it occurs widely west of the Coast Mountain Ranges extending north almost to the Alaskan Panhandle. The present study focused on surveying within the Cayoosh, Bridge (Shulaps), Seton, Anderson, Carpenter, and Downton Lake drainages. Four years of previous inventory efforts using conventional time-constrained search (TCS) methods detected tailed frog at 23/292 discrete sites (7.9% detection rate) in seven watersheds. Non-invasive environmental DNA (eDNA) methods hold promise for cryptic and low-abundance species detection. We rigorously validated a quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR)-based tool for detecting coastal tailed frog eDNA in water samples. This eASTR4 test is highly specific and sensitive. We applied a two-step targeted eDNA analysis approach on duplicate filtered water samples from a total of 72 sites collected over five days. The first IntegritE-DNA step mitigates false negative results and tests all DNA samples for the ability to support amplification from endogenous plant chloroplast DNA as a measure of sample viability. Three DNA samples failed this step even after inhibitor clean up suggesting that these samples were poor quality and not reliable for targeted species' DNA analyses. All other DNA samples were deemed viable and were then tested for species-specific DNA. Coastal tailed frog eDNA was detected in 55/72 (76%) discrete stream reaches; nine sites with historical known occurrence were all eDNA positive. The false negative rate for TCS compared to eDNA methods was 58%. The results expand known coastal tailed frog distribution to 24 watersheds effectively more than tripling extant occurrences and confirm a previously suspected, apparently isolated coastal tailed frog metapopulation in the Shulaps drainage.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».