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Enregistrement W2920961258 · doi:10.5740/jaoacint.18-0321

Recommendations for Validation of Real-Time PCR Methods for Molecular Diagnostic Identification of Botanicals

2019· article· en· W2920961258 sur OpenAlexaff
Steven G. Newmaster, S. Dhivya, Prasad Kesanakurti, Hanan R. Shehata, Adam C. Faller, Isabella Della Noce, Jung Yeop Lee, Paweł Rudziński, Zhengfei Lu, Yanjun Zhang, Gary Swanson, Robert Hanner, Subramanyam Ragupathy

Notice bibliographique

RevueJournal of AOAC International · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueIdentification and Quantification in Food
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIdentification (biology)RepeatabilityComputer scienceBiochemical engineeringBiotechnologyData miningEngineeringMathematicsBiologyStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: PCR methods are the most commonly used DNA-based identity tool in the commercial food, beverage, and natural health product markets. These methods are routinely used to identify foodborne pathogens and allergens in food. Proper validation methods for some sectors have been established, while there are none in other markets, such as botanicals. Results: A survey of the literature indicates that some validation criteria are not addressed when developing PCR tests for botanicals. Objective: We provide recommendations for qualitative real-time PCR methods for validating identity tests for botanical ingredients. Methods: These include common criteria that underpin the development and validation of rigorous tests, including ( 1 ) the aim of the validation test, ( 2 ) the applicability of different matrix variants, ( 3 ) specificity in identifying the target species ingredient, ( 4 ) sensitivity in detecting the smallest amount of the target material, ( 5 ) repeatability of methods, ( 6 ) reproducibility in detecting the target species in both raw and processed materials, ( 7 ) practicability of the test in a commercial laboratory, and ( 8 ) comparison with alternative methods. In addition, we recommend additional criteria, according to which the practicability of the test method is evaluated by transferring the method to a second laboratory and by comparison with alternative methods. Conclusions and Highlights: We hope that these recommendations encourage further publication on the validation of PCR methods for many botanical ingredients. These properly validated PCR methods can be developed on small, real-time biotechnology that can be placed directly into the supply chain ledger in support of highly transparent data systems that support QC from the farm to the fork of the consumer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,437
Score d'incertitude au seuil0,340

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,029
Tête enseignante GPT0,390
Écart entre enseignants0,361 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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