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Enregistrement W2921074040 · doi:10.1093/jcag/gwz006.153

A154 DIRECT BACTERICIDAL EFFECT OF PANTOPRAZOLE ON BACTERIAL ISOLATES FROM THE GUT MICROBIOME

2019· article· en· W2921074040 sur OpenAlexaff
M Guzman Rodriguez, Richard M. Hyde, S Vanner, Emma Allen‐Vercoe, Prameet M. Sheth, Elaine O. Petrof

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueClostridium difficile and Clostridium perfringens research
Établissements canadiensUniversity of GuelphQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPantoprazoleMicrobiologyMicrobiomeClostridiumBacteriaBiologyChemistryPharmacologyOmeprazoleBioinformatics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Proton pump inhibitors (PPIs) block the H+,K+-adenosine triphosphatases, inhibiting gastric acid secretions and raise the pH of the gastrointestinal tract (GI). PPI use had been associated with a 2-fold increased risk in developing Clostridium difficile disease, an infection that is strongly linked to disruptions in microbial communities of the GI tract. Although, PPI use has been associated with increased C. difficile infection, the mechanism by which this occurs is unclear. Recent reports have suggested that PPI’s directly influence bacterial populations in the host microbiome. Here we investigate the direct impact of pantoprazole on a defined microbial community (MET-1) consisting of 33 bacterial species isolated from healthy human stool using a continuous culture model that emulates the human distal colon. Investigate the direct impact of pantoprazole on the community dynamics of MET-1. To examine the direct impact of PPIs on bacteria, pantoprazole was incubated with individual bacterial species found in MET-1 at 5, 50, 500 and 5000 ug/mL for 24 hrs at 37oC. To examine the impact of pantoprazole on a microbial community as seen in the GI tract, a physiologic concentration of pantoprazole (40 mg/ 12 hours for 10 days) was added to a continuous culture system of MET-1 at steady state (37°C, pH 6.8 grown under anaerobic conditions). Levels of acid (HCl), base (NaOH) consumption and microbial growth and viability were monitored using optical density and flow cytometry. Growth inhibition to pantoprazole on individual members of MET-1 was concentration dependent and was more pronounced in some community members. Bifidobacterium adolescentis and Eubacterium ventriosum were sensitive at 5ug/ml (OD decrease 22.71% and 22.37% compared to control, p<0.05), while Dorea longicatena and Escherichia coli exhibited growth inhibition at 50ug/ml (OD decrease 13.59 and 9.26% compared to control, p<0.05), both of which are biologically relevant concentrations of pantoprazole. Pantoprazole exposure in a continuous culture system of MET-1 was associated with a significant decrease in bacterial density (12%, p<0.001 compared to control) and bacterial viability within three days of pantoprazole initiation. These results suggest that pantoprazole have a direct impact on the bacterial growth and viability of both individual bacteria and microbial communities in a short period of time. Sensitivity to PPIs of keystone bacterial species in the gastrointestinal tract including Bifidobacterium and Eubacterium may be linked to the observed increased risk in development of Clostridium difficile disease as well as affecting the homeostasis in the GI tract. None

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,225 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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