DNA barcoding of British mosquitoes (Diptera, Culicidae) to support species identification, discovery of cryptic genetic diversity and monitoring invasive species
Notice bibliographique
Résumé
Correct mosquito species identification is essential for mosquito and disease control programs. However, this is complicated by the difficulties in morphologically identifying some mosquito species. In this study, variation of a partial sequence of the cytochromecoxidase unit I (COI) gene was used for the molecular identification of British mosquito species and to facilitate the discovery of cryptic diversity, and monitoring invasive species. Three DNA extraction methods were compared to obtain DNA barcodes from adult specimens. In total, we analyzed 42 species belonging to the generaAedesMeigen, 1818 (21 species),AnophelesMeigen, 1818 (7 species),CoquillettidiaTheobald, 1904 (1 species),CulexLinnaeus, 1758 (6 species),CulisetaFelt, 1904 (7 species), andOrthopodomyiaTheobald, 1904 (1 species). Intraspecific genetic divergence ranged from 0% to 5.4%, while higher interspecific divergences were identified betweenAedesgeminusPeus, 1971/Culisetalitorea(Shute, 1928) (24.6%) andAe.geminus/An.plumbeusStephens, 1828 (22.5%). Taxonomic discrepancy was shown betweenAn.daciaeLinton, Nicolescu & Harbach, 2004 andAn.messeaeFalleroni, 1828 indicating the poor resolution of theCOIDNA barcoding region in separating these taxa. Other species such asAe.cantans(Meigen, 1818)/Ae.annulipes(Meigen, 1830) showed similar discrepancies indicating some limitation of this genetic marker to identify certain mosquito species. The combination of morphology and DNA barcoding is an effective approach for the identification of British mosquitoes, for invasive mosquitoes posing a threat to the UK, and for the detection of hidden diversity within species groups.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».