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Enregistrement W2921445007 · doi:10.1093/jcag/gwz006.012

A13 PROTEINS AND FIBROSTENOTIC CROHN’S DISEASE; WHO SHOWED UP TO THE PARTY?

2019· article· en· W2921445007 sur OpenAlexaff
Cathy Lu, Antoine Dufour, Aito Ueno, Humberto Jijon, K Prowse, Kerri L. Novak, Remo Panaccione, Simon A. Hirota

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueDermatological and Skeletal Disorders
Établissements canadiensMcMaster UniversityUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCrohn's diseaseMedicineInflammatory bowel diseaseGastroenterologyProteomeInternal medicineUlcerative colitisDiseaseDemographicsPathologyBioinformaticsBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Crohn’s Disease (CD) is an inflammatory bowel disease mainly affecting the terminal ileum (TI) with three distinct phenotypes including strictures. Despite advances in medical therapy, fibrostenosis remains a therapeutic challenge as there are no available anti-fibrotic treatments. To date, there are no biomarkers to discriminate stricturing CD from other phenotypes. Early studies suggest that protein biomarkers identified from serum profiling may differentiate CD subtypes, and predict biologic therapy response. However, no studies have assessed which cell surface proteins are found in patients with strictures. Utilizing intestinal ultrasound (US), which readily detects fibrostenotic CD strictures, the serum of patients with and without strictures was collected for proteomic characterization. To investigate differences in the serum proteome among CD patients with fibrostenosis, as identified on bowel US, to those without strictures. All consecutive CD patients attending outpatient US appointments received greyscale US. Strictures were defined as a fixed bowel segment with a point of luminal apposition with or without prestenotic dilation. Five patients with ileal strictures were matched with similar ileal CD patients with only inflammatory behaviour, as confirmed on US. Patient sera was collected for quantitative shotgun proteomics using liquid chromatography/mass spectrometry. Statistical analysis was conducted at 1% false discovery rate to identify cell surface proteins to differentiate CD with and without strictures. 10 CD patient samples were collected; five patients allocated to the stricture and five to the non-stricture group. Demographics and age at diagnosis were similar between groups. Mean ileal bowel wall thickness was greater in the strictured (7.5 mm) group than without (4.5mm, p = 0.02). Prestenotic dilation (2 to 5 cm) was present in all with ileal stricture. All patients with a stricture had inflammation (mild/moderate inflammatory fat, hyperemia), while all but one in the non-strictured group had quiescent CD. More than 1,600 proteins were identified. In the strictured group, 4/5 patients had elevated Plexin-A2 and CD5 antigen-like protein, and 3/5 had elevated neogenin and dystonin. Of the non-strictured patients, 3/5 had elevated MMP-16/MT3-MMP (matrix metalloproteinase 16/membrane-type 3 MMP), and 4/5 had elevated vinculin. The sera of patients with and without structuring CD have a unique protein signature. These results provide an initial foundation driving further evaluation to confirm or refine candidate proteins, comparison to patients with resected strictures, and for mechanistic studies. Protein biomarkers may facilitate early stricture detection, monitor CD progression and ultimately identify patients in need of therapies with the greatest stricture risk. None

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,052
Score d'incertitude au seuil0,965

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,188 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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