Evaluation of a genomic classifier in primary tumor and lymph node metastases in pre- and post-radical prostatectomy tissue specimens from patients with lymph node positive prostate cancer.
Notice bibliographique
Résumé
e16087 Background: Genomic Classifiers (GC) are in common use to predict outcomes for men with prostate cancer (PCA). The Decipher test is a validated genomic classifier (GC) that predicts early metastasis after radical prostatectomy (RP). We sought to evaluate whether the GC scores of pre-treatment diagnostic needle biopsy (Bx) and RP can actually predict the metastatic lesion in patients with lymph node positive (LN+) PCA. Methods: Twenty-five LN+ PCA pts who underwent RP and extended LN dissection from a single institution from 2001-2009 were identified and analyzed for genomic aberrations in Bx, prostate and LN samples. Tissue specimens for Bx, RP and LN were available for 13, 22 and 19 pts, respectively. GC results were calculated for a total of 62 patient specimens that passed quality control. Concordance of risk groups was performed using validated cut-points for low ( < 0.45), intermediate (0.45-0.6) and high ( > 0.6) GC score. PCA markers (ERG+, ETS+ or non-ETS/SPINK1+) were used to determine subtype and clonal relationship between Bx, RP and LN. Results: Pre-operatively, 91% of pts were NCCN high and very high-risk groups. Post-operatively, 77% of patients had Gleason ≥ 9 disease and 86% were pT3 or greater stage. Median GC in RP was 0.76 (IQR: 0.63 - 0.80) and 0.85 (IQR: 0.61-0.91) in LN. Median GC in Bx was 0.64 (IQR: 0.48-0.73) and the Bx with the highest Gleason grade and percent tumor cells had 86% concordance with both RP and LN GC risk. Forty-one percent were ERG+, 17% ETS+ and 39% non-ETS/SPINK1+ in prostate specimens. The clonal subtype in RP and LN tumors was the same in 83% of pts. Conclusions: In our cohort, most pts with LN metastases at RP were classified as high GC risk in Bx, RP and LN specimens. There was a high Bx to RP and LN genomic concordance of 86% in Bx specimens with highest Gleason grade and percent tumor cells. Predicting the presence of LN metastasis could be useful for accurate pre-treatment staging and optimization of radical, neo- and adjuvant therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».