Changes in norovirus genotype diversity in gastroenteritis outbreaks in Alberta, Canada: 2012–2018
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The emergence of norovirus genotype GII.4 variants has been associated with gastroenteritis pandemics worldwide, prompting molecular surveillance for early detection of novel strains. In this study, we aimed to analyze the outbreak activity of norovirus and characterize the norovirus strains circulating in Alberta between July 2012 and February 2018. METHODS: Stool samples from gastroenteritis outbreaks in Alberta were tested for norovirus at the Provincial Laboratory for Public Health using a multiplex real time-RT PCR assay. The ORF1 and ORF2-genotypes of norovirus positive samples were assigned based on phylogenetic analyses of partial polymerase and capsid sequences, respectively. RESULTS: A total of 530 norovirus outbreaks were identified. During July 2012 and June 2017 there was a gradual decrease in the annual number of GII.4 outbreaks, however, outbreak numbers increased from June 2017-February 2018. Four novel strains emerged: GII.17 Kawasaki in July 2014-June 2015, GII.P16/GII.4 Sydney in July 2015-June 2016, GII.P16/GII.2 and GII.P4 New Orleans/GII.4 Sydney in July 2016-June 2017. GII.Pe/GII.4 Sydney was the single predominant strain responsible for the majority (over 50%) of all norovirus outbreaks up to June 2015. Between June 2017 and February 2018, GII.P16/GII.4 Sydney was the leading strain causing 63% of all norovirus outbreaks. CONCLUSIONS: GII.4 stands as the predominant capsid genotype causing a large majority of the norovirus outbreaks in early 2018. An increase in genotype diversity was observed in the last years, characterized by a high circulation of non-GII.4 strains and GII.4 recombinants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».