A46 FECAL β-DEFENSIN LEVELS AS A RELIABLE BIOMARKER OF INTESTINAL DYSBIOSIS
Notice bibliographique
Résumé
Dysbiosis is defined as alterations or instability in gut microbial composition resulting in altered host function. It is triggered by many environmental factors and has been implicated in the pathogenesis of the Irritable Bowel Syndrome (IBS). Recent focus on the putative role of intestinal microbiome generating low grade inflammation and immune activation in IBS has increased the need for a marker of dysbiosis. β-defensins (β-def) are inducible antimicrobial peptides secreted by diverse cell types in response to pathogen encounter or pro-inflammatory cytokines. Studies in IBS patients show that dysbiosis results in skewing of innate mucosal immunity toward a proinflammatory response (increased β-def levels) in the absence of macroscopic signs of inflammation. Our lab recently demonstrated that colonizing germ-free mice with IBS microbiota results in IBS-like changes in gut function and increase in colonic β-def expression in recipient mice. To investigate whether fecal β-def levels constitute a reliable biomarker of dysbiosis. We induced dysbiosis using different protocols including single antibiotic (Neomycin), an antibiotic cocktail (ABC) or a high-fat/high-sugar diet (HF/HSD). Mice (n=20) were divided into 3 groups and all received 1 week of treatment, preceded and followed by 1-week long baseline and recovery periods. The single antibiotic was administered to C57/BL6 ASF mice, the ABC was given to C57/BL6 SPF mice and another group of C57/BL6 SPF mice received HF/HSD. Stool samples were collected every day for 16S rRNA gene profiling, qPCR analysis of total bacterial load and fecal β-def levels analysis by an ELISA. SPF mice receiving the ABC showed a significant decrease in β-def levels (p<0.0001). Similar differences in β-def levels were observed in ABC treated females. Changes in microbial composition (Bacteroidetes, Firmicutes, Proteobacteria, Tenericutes, TM7) in ABC treated mice significantly correlated with β-def levels. In ASF mice, neomycin administration led to significant changes in β-def levels and alpha- diversity. Unlike ASF males, females showed a significant correlation between changes in microbial composition (Bacteroidetes and Verrucomicrobia) and β-def levels. The HF/HSD transiently altered the microbial richness (baseline vs. treatment: p=0.042; treatment vs. recovery: p=0.045) and diversity (baseline vs. treatment: p=0.009; treatment vs. recovery: p=0.021) but no significant correlations were found between β-def levels and microbial composition. There were significant differences between β-def levels in ASF and SPF treated mice. Our results suggest that innate immune activation is differentially affected in ASF and SPF mice depending on the microbial complexity of the microbiota. These findings indicate that fecal β-defensins are a putative biomarker for dysbiosis and warrant further investigation. CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».