Gene Expression Profile Is Different between Intact and Enzymatically Digested Equine Articular Cartilage
Notice bibliographique
Résumé
Objectives: RNA isolation is necessary for the evaluation of gene expression. Due to the nature of its extracellular matrix, RNA isolation from articular hyaline cartilage is difficult and thus the tissue is commonly enzymatically digested in order to extract RNA from the obtained chondrocytes. We hypothesized that the digestion process affects the expression levels of common cartilage-associated genes. Design: Expression of cartilage-associated genes was compared between intact cartilage and digested chondrocytes from weight bearing and non-weight bearing regions of the equine fetlock joint. Results: The gene expression of SOX9, COL1A2, COL2A1, ACAN, and COLX were analyzed. Digested cartilage showed a significant decrease in the expression of COL1A2, COL2A1, and ACAN compared to intact cartilage in both joint regions, and an increase in COLX expression in non-weight bearing cartilage only. Conclusions: Enzymatic digestion of cartilage significantly impacts gene expression profile. We conclude that while RNA isolation from intact cartilage is more technically difficult, determination of gene expression should be conducted on intact cartilage if true representation of the in vivo processes is sought.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».