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Enregistrement W2922083844 · doi:10.1093/jcag/gwz006.158

A159 EMERGING THEMES AND THE OLD TALE OF C. DIFFICILE INFECTION: GENETICS, RESERVOIRS, TREATMENT AND MANAGEMENT

2019· article· en· W2922083844 sur OpenAlexaffabout
Gustavo Ybazeta, Yanal Murad, Justo Perez, Sebastien Lefebvre, J. Scott Weese, J. Rousseau, Francisco Díaz‐Mitoma, Kim Tilbe, Reza Nokhbeh

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueEnterobacteriaceae and Cronobacter Research
Établissements canadiensVariation Biotechnologies (Canada)University of OttawaUniversity of GuelphNOSM UniversityHealth Sciences North
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésClostridium difficileMultilocus sequence typingOutbreakMedicineGeneXpert MTB/RIFInfection controlRibotypingAntibiotic resistanceMultiple Loci VNTR AnalysisTypingIncidence (geometry)AntibioticsInternal medicineIntensive care medicineGenotypingGenotypeMicrobiologyVirologyBiologySputumPathologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Clostridium difficile infection (CDI) continues to be among the top hospital associated infections affecting the elderly and trending among younger populations. Rising antibiotic resistance rates and limited treatment options often lead to recurrence of infection and frequent hospital outbreaks, imposing burden on CDI management in healthcare institutions. Here we report our experience with CDI at Health Sciences North, an acute-care large teaching hospital in Ontario, and the emerging themes important in CDI management. A collection of C. difficile was built by isolation from positive stool samples and further characterized by toxin typing, ribotyping, Multilocus Sequence Typing (MLST) and whole genome sequencing. This analysis included samples from two tandem hospital outbreaks within two major hospital wards in 2012 that involved 33 patients. Since 2008, while the CDI incidence rates among more than 220 Ontario hospitals were fluctuating with no clear trend, our hospital showed higher rates than other large hospitals in the region. From 2012 to 2017, over 3000 stool samples from symptomatic patients were analyzed for C. difficile spores using the diagnostic GeneXpert platform with over 10% positive results. It was shown that the C. difficile isolates were diverse with respect to all typing schemes and were mirrored similarly among outpatients and inpatient populations. Similar distribution patterns for genetic and phenotypic traits were observed among patients who were involved in two tandem outbreaks and within the hospital wards with no identified index strain. Patients were subjected to antibiotics and other risk factors before, during and after diagnosis. Ciprofloxacin was among the 90th percentile of the most used antibiotics, however it is the antibiotic to which most of the C. difficile isolates were resistant. Moreover, extensive survey of the vehicles and fomites involved in hospital transmission of C. difficile spores did not produce any significant spatial and temporal correlates for nosocomial transmission of C. difficile, implying the limitation of the regular outbreak management measures. We concluded that the epidemiology of CDI is more complex than that being justified by a nosocomial model of dissemination. We suggest that there are more reservoirs of C. difficile within hospitals and the communities and the status of CDI in hospitals is the result of equilibrium reached between all factors involved in persistence of C. difficile in hospitals. This has serious implications for the treatment, prevention and control measures, and might require realignment of these strategies to more proactive management. Northern Ontario Academic Medicine Association (NOAMA)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,065
Score d'incertitude au seuil0,950

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,223
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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