Genome-wide SNP discovery for development of high-density genetic map and QTL mapping of ascochyta blight resistance in chickpea (Cicer arietinum L.)
Notice bibliographique
Résumé
A high-density linkage map of chickpea using 3430 SNPs was constructed and used to identify QTLs and candidate genes for ascochyta blight resistance in chickpea. Chickpea cultivation in temperate conditions is highly vulnerable to ascochyta blight infection. Cultivation of resistant cultivars in combination with fungicide application within an informed disease management package is the most effective method to control ascochyta blight in chickpeas. Identifying new sources of resistance is critical for continued improvement in ascochyta blight resistance in chickpea. The objective of this study was to identify genetic loci and candidate genes controlling the resistance to ascochyta blight in recombinant inbred lines derived from crossing cultivars Amit and ICCV 96029. The RILs were genotyped using the genotyping-by-sequencing procedure and Illumina ® GoldenGate array. The RILs were evaluated in the field over three site-years and in three independent greenhouse experiments. A genetic map with eight linkage groups was constructed using 3430 SNPs. Eight QTLs for resistance were identified on chromosomes 2, 3, 4, 5 and 6. The QTLs individually explained 7–40% of the phenotypic variations. The QTLs on chromosomes 2 and 6 were associated with the resistance at vegetative stage only. The QTLs on chromosomes 2 and 4 that were previously reported to be conserved across diverse genetic backgrounds and against different isolates of Ascochyta rabiei were confirmed in this study. Candidate genes were identified within the QTL regions. Their co-localization with the underlying QTLs was confirmed by genetic mapping. The candidate gene-based SNP markers would lead to more efficient marker-assisted selection for ascochyta blight resistance and would provide a framework for fine mapping and subsequent cloning of the genes associated with the resistance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».