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Enregistrement W2922357940 · doi:10.1093/jcag/gwz006.172

A173 LACK OF EXPERIMENTAL REPRODUCIBILITY IN PRECLINICAL RESEARCH: FOCUS ON DIETARY CONTENT OF FERMENTABLE CARBOHYDRATE (FODMAPS) IN STANDARD RODENT CHOWS

2019· article· en· W2922357940 sur OpenAlexaffabout
Caroline J. Tuck, Kaede Takami, David E. Reed, Jane G. Muir, Giada De Palma, Přemysl Berčík, Elena F. Verdú, Stephen Vanner

Notice bibliographique

RevueJournal of the Canadian Association of Gastroenterology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNutritional Studies and Diet
Établissements canadiensMcMaster UniversityQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésRaffinoseSorbitolFood scienceMannitolFructosePrebioticSugarFructanReproducibilityBiologyChemistrySucroseBiochemistryChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Canadian Institute of Health Research (CIHR) and other scientific organizations have raised concern about the variability and lack of reproducibility of animal experimental results between laboratories. This concern includes studies investigating the microbiota, their metabolites and their impact on the host. Factors such as environment, stress, and sex have been identified as possible contributors, whereas composition of the regular diet, specifically quality of macronutrients, has received less attention. The prebiotic properties of dietary FODMAPs (fermentable oligo-, di-, mono-saccharides and polyols) are known to have a profound influence on the microbiota based on human studies, but the FODMAP content of standard animal diets has not been measured. The aim of this study was to analyze the FODMAP content of common rodent diets. Standard rodent chows used at rodent suppliers and research institutions were selected for analysis of FODMAP content, and three mill dates were collected for each chow. Using established protocols at Monash University, following sugar extraction, samples were analyzed in triplicate for excess fructose, lactose, sorbitol, mannitol, galacto-oligosaccharide (GOS: raffinose and stachyose), and total fructan content using high-performance liquid chromatography and enzymatic assays. The FODMAP content was then compared to both a custom-made low and high FODMAP rodent chow containing fructose, sorbitol, fructan and GOS at levels designed to mimic human consumption. Data was analyzed using unpaired t-tests. The custom-made low and high FODMAP diets contained 0.51 and 4.10g/100g total FODMAP, respectively. The total FODMAP content of the six standard chows was variable (Fig 1); the lowest was the Research Diets AIN93G Growing Rodent chow derived from cornstarch, the highest was the LabDiet 5001 Rodent chow derived from corn and soybean meal (0.40 vs 4.62 total FODMAP). When comparing the three lowest to the three highest chows, a significant difference in FODMAP content was observed (mean±SD: 0.89±0.57 vs 4.26±0.34; p=0.0009, unpaired t-test). The total oligosaccharide (GOS + fructan) component, the subgroup known to have the greatest influence on the microbiome, varied from 0.40–2.75. This study points to a significant variability in FODMAP content between commonly used standard rodent chows, which will likely impact gut microbiota composition, and gut physiology. Thus, the use of different standard rodent chows between laboratories might explain, at least partially, the lack of reproducible results in rodent experiments. Figure 1. Total FODMAP content of standard rodent chows compared to the custom-made low and high FODMAP chows CIHRCanadian Nutrition Society

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,043
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,029
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: Reproductibilité · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,957
Score d'incertitude au seuil0,229

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0430,029
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,002
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0020,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,136
Tête enseignante GPT0,375
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
DomaineReproductibilité
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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