Abstract 661: Regulation of <i>CCL2</i> Expression in Vascular Endothelial Cells by a Long Noncoding RNA
Notice bibliographique
Résumé
Vascular inflammation is a critical driver of chronic diseases such as atherosclerosis. A network of NF-κB-dependent leukocyte adhesion molecules and chemokines are induced in endothelial cells (ECs) in response to inflammatory mediators. This includes chemokine (C-C motif) ligand 2 ( CCL2 ), which contributes to atherosclerosis by recruiting monocytes to the endothelium. Recently, long noncoding RNAs (lncRNAs) have been implicated in regulating gene expression through epigenetic mechanisms, but lncRNAs remain poorly studied in the context of vascular inflammation and NF-kB pathway regulation. LncRNAs are frequently retained in the nucleus where they interact with chromatin remodelling complexes to modulate the expression of neighboring protein-coding genes. Hence, identifying NF-kB-regulated neighboring mRNA-lncRNA pairs in vascular endothelial cells may uncover functional lncRNAs that play a role in fine-tuning the expression of their neighboring inflammatory genes. The Arraystar human lncRNA microarray V3 was employed to identify differentially expressed lncRNAs and mRNAs in ECs stimulated with the pro-inflammatory cytokine, IL-1β. Neighboring IL-1β-regulated mRNA-lncRNA pairs demonstrated a larger magnitude of mRNA induction than mRNAs lacking a neighboring lncRNA. This phenomenon was associated with shared regulatory elements and localization within the same topologically associated domain. Follow-up analysis was performed on the nuclear-enriched, lncRNA-CCL2 , which is transcribed through a super-enhancer near CCL2 . Both lncRNA-CCL2 and CCL2 responded to the same inflammatory stimuli. Similar to CCL2 , lncRNA-CCL2 transcript was elevated in unstable human atherosclerotic plaques. Knockdown of lncRNA-CCL2 decreased CCL2 mRNA levels in multiple EC cell lines, but had no effect on other inflammatory genes or distal CCL genes. Hence, our approach has uncovered neighboring IL-1β-regulated mRNA-lncRNA pairs and identified a novel functional lncRNA, lncRNA-CCL2 .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».