Sequencing a Juglans regia × J. microcarpa hybrid yields high-quality genome assemblies of parental species
Notice bibliographique
Résumé
Members of the genus Juglans are monecious wind-pollinated trees in the family Juglandaceae with highly heterozygous genomes, which greatly complicates genome sequence assembly. The genomes of interspecific hybrids are usually comprised of haploid genomes of parental species. We exploited this attribute of interspecific hybrids to avoid heterozygosity and sequenced an interspecific hybrid Juglans microcarpa × J. regia using a novel combination of single-molecule sequencing and optical genome mapping technologies. The resulting assemblies of both genomes were remarkably complete including chromosome termini and centromere regions. Chromosome termini consisted of arrays of telomeric repeats about 8 kb long and heterochromatic subtelomeric regions about 10 kb long. The centromeres consisted of arrays of a centromere-specific Gypsy retrotransposon and most contained genes, many of them transcribed. Juglans genomes evolved by a whole-genome-duplication dating back to the Cretaceous-Paleogene boundary and consist of two subgenomes, which were fractionated by numerous short gene deletions evenly distributed along the length of the chromosomes. Fractionation was shown to be asymmetric with one subgenome exhibiting greater gene loss than the other. The asymmetry of the process is ongoing and mirrors an asymmetry in gene expression between the subgenomes. Given the importance of J. microcarpa × J. regia hybrids as potential walnut rootstocks, we catalogued disease resistance genes in the parental genomes and studied their chromosomal distribution. We also estimated the molecular clock rates for woody perennials and deployed them in estimating divergence times of Juglans genomes and those of other woody perennials.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».