MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2922702782 · doi:10.1073/pnas.1814685116

Lysyl-tRNA synthetase as a drug target in malaria and cryptosporidiosis

2019· article· en· W2922702782 sur OpenAlexaff
Beatriz Baragaña, Barbara Forte, Ryan Choi, Stephen N. Hewitt, Juan A. Bueren‐Calabuig, João Pedro Pisco, Caroline Peet, David M. Dranow, David A. Robinson, Chimed Jansen, Neil R. Norcross, Sumiti Vinayak, Mark Anderson, Carrie F. Brooks, Caitlin Cooper, Sebastian Damerow, Michael J. Delves, Karen Dowers, James Duffy, Thomas E. Edwards, Irene Hallyburton, Benjamin G. Horst, Matthew A. Hulverson, Liam Ferguson, Marı́a Belén Jiménez-Dı́az, Rajiv S. Jumani, Donald D. Lorimer, Melissa S. Love, Steven P. Maher, Holly Matthews, Case W. McNamara, Peter G. Miller, Sandra M. O’Neill, Kayode K. Ojo, Maria Osuna‐Cabello, Érika G. Pinto, John Post, Jennifer Riley, Matthias Rottmann, Laura M. Sanz, Paul Scullion, Arvind Sharma, Sharon M. Shepherd, Yoko Shishikura, Frederick R. C. Simeons, Erin E. Stebbins, Laste Stojanovski, Ursula Straschil, Fábio K. Tamaki, J. Tamjar, Leah S. Torrie, Amélie Vantaux, Benoît Witkowski, Sergio Wittlin, M. Yogavel, Fabio Zuccotto, Íñigo Angulo‐Barturen, Robert E. Sinden, Jake Baum, Francisco‐Javier Gamo, Pascal Mäser, Dennis E. Kyle, Elizabeth A. Winzeler, Peter J. Myler, Paul G. Wyatt, David Floyd, David J. Matthews, Amit Sharma, Boris Striepen, Christopher D. Huston, David W. Gray, Alan H. Fairlamb, Andrei V. Pisliakov, Chris Walpole, Kevin D. Read, Wesley C. Van Voorhis, Ian H. Gilbert

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueParasitic Infections and Diagnostics
Établissements canadiensMcGill University Health CentreStructural Genomics ConsortiumUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Institute of General Medical SciencesNational Institutes of HealthMedicines for Malaria VentureUniversity of DundeeWellcome TrustUniversity of California, San DiegoGlaxoSmithKlineDiamond Light SourceNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesBill and Melinda Gates Foundation
Mots-clésMalariaVirologyDrugMicrobiologyBiologyMedicineImmunologyPharmacology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Malaria and cryptosporidiosis, caused by apicomplexan parasites, remain major drivers of global child mortality. New drugs for the treatment of malaria and cryptosporidiosis, in particular, are of high priority; however, there are few chemically validated targets. The natural product cladosporin is active against blood- and liver-stage Plasmodium falciparum and Cryptosporidium parvum in cell-culture studies. Target deconvolution in P. falciparum has shown that cladosporin inhibits lysyl-tRNA synthetase ( Pf KRS1). Here, we report the identification of a series of selective inhibitors of apicomplexan KRSs. Following a biochemical screen, a small-molecule hit was identified and then optimized by using a structure-based approach, supported by structures of both Pf KRS1 and C. parvum KRS ( Cp KRS). In vivo proof of concept was established in an SCID mouse model of malaria, after oral administration (ED 90 = 1.5 mg/kg, once a day for 4 d). Furthermore, we successfully identified an opportunity for pathogen hopping based on the structural homology between Pf KRS1 and Cp KRS. This series of compounds inhibit Cp KRS and C. parvum and Cryptosporidium hominis in culture, and our lead compound shows oral efficacy in two cryptosporidiosis mouse models. X-ray crystallography and molecular dynamics simulations have provided a model to rationalize the selectivity of our compounds for Pf KRS1 and Cp KRS vs. (human) Hs KRS. Our work validates apicomplexan KRSs as promising targets for the development of drugs for malaria and cryptosporidiosis.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,184
Score d'incertitude au seuil0,179

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,258 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations139
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueProceedings of the National Academy of SciencesMême sujetParasitic Infections and DiagnosticsTravaux en français237 207