Comparative analysis of the liver transcriptome in the red-eared slider <i>Trachemys scripta elegans</i> under chronic salinity stress
Notice bibliographique
Résumé
The red-eared slider ( Trachemys scripta elegans ), identified as one of the 100 most invasive species in the world, is a freshwater turtle originally from the eastern United States and northeastern Mexico. Field investigations have shown that T. s. elegans can survive and lay eggs in saline habitats. In order to understand the molecular mechanisms of salinity adaptation, high-throughput RNA-Seq was utilized to identify the changes in gene expression profiles in the liver of T. s. elegans in response to elevated salinity. We exposed individuals to 0, 5, or 15 psu (practical salinity units) for 30 days . A total of 157.21 million reads were obtained and assembled into 205138 unigenes with an average length of 620 bp and N50 of 964 bp. Of these, 1019 DEGs (differentially expressed genes) were found in the comparison of 0 vs. 5 psu, 1194 DEGs in 0 vs. 15 psu and 1180 DEGs in 5 vs. 15 psu, which are mainly related to macromolecule metabolic process, ion transport, oxidoreductase activity and generation of precursor metabolites and energy by GO (Gene Ontology) enrichment analyses . T. s. elegans can adapt itself into salinity by balancing the entry of sodium and chloride ions via the up-regulation expression genes of ion transport (potassium voltage-gated channel subfamily H member 5, KCNH5 ; erine/threonine-protein kinase 32, STK32 ; salt-inducible kinase 1, SIK1 ; adiponectin, ACDC ), and by accumulating plasma urea and free amino acid via the up-regulation expression genes of amino acid metabolism (ornithine decarboxylase antizyme 3, OAZ3 ; glutamine synthetase, GLUL ; asparaginase-like protein 1b, ASRGL ; L-amino-acid oxidase-like, LAAO ; sodium-dependent neutral amino acid transporter B, SLC6A15s ; amino acid permease, SLC7A9 ) in response to osmotic regulation. An investment of energy to maintain their homeostatic balance is required to salinity adaptation, therefore, the genes related to energy production and conversion (F-ATPase protein 6, ATP6 ; cytochrome c oxidase subunit I, COX1 ; cytochrome c oxidase subunit III, COX3 ; cytochrome b, CYTb ; cytochrome P450 17A1, CYP17A1 ) were up-regulated with the increase of gene expression associated with lipid metabolism (apolipoprotein E precursor, APoE ; coenzyme Q-binding protein, CoQ10 ; high-density lipoprotein particle, SAA ) and carbohydrate metabolism ( HK , MIP ). These findings improve our understanding of the underlying molecular mechanisms involved in salinity adaptation and provide general guidance to illuminate the invasion potential of T. s. elegans into saline environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».