Comparative genomics guides elucidation of vitamin B12 biosynthesis in novel human associated <i>Akkermansia</i>
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Akkermansia muciniphila is a mucin-degrading bacterium found in the gut of most healthy humans and is considered a ‘next-generation probiotic.’ However, knowledge of the genomic and physiological diversity of human associated Akkermansia is limited, as only one species has been formally described. Results To begin to fill this knowledge gap, we reconstructed 35 high-quality metagenome assembled genomes from children and combined them with 40 other publicly available genomes from adults and mice for comparative genomic analysis. We identified at least four species-level phylogroups (AmI-AmIV) with distinct functional potentials. Most notably, we identified the presence of putative cobalamin (vitamin B12) biosynthesis genes within the AmII (n=26/28) and AmIII (n=2/2) phylogroups. To test these predictions, 10 novel strains of Akkermansia were isolated from adults and screened for essential vitamin B12 biosynthesis genes via PCR. Two strains of the AmII phylogroup were positive for the presence of vitamin B12 biosynthesis genes, while all AmI strains, including the type strain A. muciniphila Muc T , were negative. To demonstrate vitamin B12 biosynthesis, we measured the production of acetate, succinate, and propionate in the presence and absence of vitamin supplementation in representative strains of the AmI and AmII phylogroups since cobalamin is a cofactor in propionate metabolism. Results show that the Akkermansia AmII strain produced acetate and propionate in the absence of supplementation, which is indicative of de novo vitamin B12 biosynthesis. In contrast, acetate and succinate were the main fermentation products for the AmI strains when vitamin B12 was not supplied in the culture medium. Conclusions We identified Akkermansia strains as potentially important vitamin B12 biosynthetic bacteria in the human gut. This novel physiological trait of human associated Akkermansia may impact how these bacteria interact with the human host and other members of the human gut microbiome.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».