A protocol to count Cryptosporidium oocysts by flow cytometry without antibody staining
Notice bibliographique
Résumé
Cryptosporidiosis caused by the protozoan parasites Cryptosporidium hominis and C. parvum, threatens the lives of young children in developing countries.In veterinary medicine, C. parvum causes life-threatening diarrhea and dehydration in newborn dairy calves.Protocols to detect Cryptosporidium spp.oocysts using flow cytometry have been reported; however, these protocols use antibodies against the parasite and typically focus on detection of oocysts, not quantification.These techniques are not well-suited for studies that generate large variations in oocyst burdens because the amount of antibody required is proportional to the number of oocysts expected in samples.Also, oocysts are lost in washes in the staining protocol, reducing accuracy of oocyst counts.Moreover, these protocols require costly fluorochrome-conjugated monoclonal antibodies and are not optimal for studies involving large numbers of samples.Here we present an optimized protocol for purifying oocysts from mouse stool and intestine samples combined with a reliable method to quantify oocysts in a relatively pure population without the need for antibody staining.We used morphology (SSC-A vs FSC-A) and the innate characteristics of C. parvum oocysts compared to fecal and intestinal contaminants to develop a two-step gating strategy that can differentiate oocysts from debris.This method is a fast, reliable, and high-throughput technique to promote research projects on C. parvum infections in mice and potentially other animal hosts. Author summaryDiarrheal diseases are the second leading cause of death in children < 5 years old.Cryptosporidiosis caused by the unicellular parasite Cryptosporidium spp. is one of these diarrheal diseases.C. hominis and C. parvum cause moderate-to-severe diarrhea and dehydration that threaten the lives of young children in developing countries.Flow cytometry is a state-of-the-art technique to detect Cryptosporidium spp.oocysts, the infectious form of the parasite.Reported protocols typically focus on detection of oocysts using
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,021 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».