A Culture-Independent Analysis of the Microbiota of Female Interstitial Cystitis/Bladder Pain Syndrome Participants in the MAPP Research Network
Notice bibliographique
Résumé
We surveyed urine microbiota of females diagnosed with interstitial cystitis/bladder pain syndrome (IC/BPS) and matched control participants enrolled in the National Institutes of Health (NIH) Multidisciplinary Approach to the Study of Chronic Pelvic Pain (MAPP) Research Network using the culture-independent methodology. Midstream urine specimens were analyzed with the Plex-ID molecular diagnostic platform that utilizes polymerase chain reaction–electrospray ionization–time-of-flight–mass spectrometry (PCR-ESI-TOF MS) to provide a comprehensive identification of bacterial and select fungal species. IC/BPS and control participants were evaluated for differences (presence, diversity, and abundance) in species and genus. Urine specimens obtained from 181 female IC/BPS and 182 female control participants detected a total of 92 species (41 genera). Mean (SD) species count was 2.49 (1.48) and 2.30 (1.28) among IC/BPS and control participants, respectively. Overall species composition did not significantly differ between IC/BPS and control participants at any level (p = 0.726 species level, p = 0.222 genus level). IC/BPS participants urine trended to an overabundance of Lactobacillus gasseri (p = 0.09) detected but had a lower prevalence of Corynebacterium compared with control participants (p = 0.002). The relative abundance data analysis mirrored the prevalence data differences with no significant differences in most species or genus abundance other than Lactobacillus gasseri and Corynebacterium (p = 0.08 and p = 0.001, respectively). No cause and/or effect conclusion can be drawn from this observation, but it suggests that a more comprehensive evaluation (vaginal, bowel, catheterized bladder and/or tissue-based specimens) of the lower urinary tract microbiota in IC/BPS patients is warranted.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».