Abstract O.17: Whole Genome Sequencing of a six-member African American family with two Kawasaki disease-affected siblings identifies novel susceptibility variants
Notice bibliographique
Résumé
We performed Whole Genome Sequencing (WGS) of a 6-member African American (AA) family with 2 of the 4 children affected with KD. We identified 6,712,158 unique variants across all 6 individuals. We first analyzed the quartet of mother/father/affected sibs and then compared variants in the 2 affected vs. 2 unaffected sibs. Assuming a recessive inheritance model, we identified 49,591 transmitted candidate homozygous variants exclusively present in both affected sibs compared to their parents. The affected vs. unaffected sibling analysis generated 64,187 candidate homozygous variants exclusive to the affected sibs. The intersection of the two analyses identified 20,943 variants of which 303 - in 117 genes - were predicted to be deleterious. We validated the findings in a cohort of 405 KD subjects and 6,252 normal controls using 4,060,864 imputed genotypes. Association analysis of the imputed GWAS dataset for KD susceptibility using the allelic and recessive tests in PLINK found 438,343 SNPs (nominal P-value < 0.05). Of these, 17 variants in 10 genes were also among the 303 variants from the family analysis. These genes were ANGPT1, AS3MT, C10orf32, CMIP, CNNM2, LRIG2, MMP1, NT5C2, SLK, and TLR6. Of these, ANGPT1, MMP1, and TLR6 have been previously associated with KD. For SLK (serine-threonine protein kinase 2) rs10786779 located in the promoter, the homozygous A allele (risk) genotype showed significantly higher expression (p=0.04) in a cohort of 141 acute vs. convalescent mixed ethnic KD subjects on the Illumina HumanRef-12 V4 BeadChip. Conclusion: This is the first analysis of WGS in KD and the first to focus on genetic susceptibility in AA children who are second only to Asian children in susceptibility to KD. This exploratory analysis provides new validated variants that may likely contribute to KD susceptibility in AA children.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».