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Enregistrement W2925323697 · doi:10.1038/s42003-019-0356-z

Deep learning for high-throughput quantification of oligodendrocyte ensheathment at single-cell resolution

2019· article· en· W2925323697 sur OpenAlexafffund
Yu Kang T. Xu, Daryan Chitsaz, Robert A. Brown, Qiao Ling Cui, Matthew A Dabarno, Jack P. Antel, Timothy E. Kennedy

Notice bibliographique

RevueCommunications Biology · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensMcGill UniversityMontreal Neurological Institute and Hospital
Organismes subventionnairesCanada First Research Excellence FundInternational Progressive MS AllianceMultiple Sclerosis SocietyCompute CanadaMultiple Sclerosis Society of CanadaMcGill University
Mots-clésHigh resolutionThroughputOligodendrocyteSingle-cell analysisDeep learningResolution (logic)NeuroscienceComputer scienceArtificial intelligenceCellBiologyGeologyTelecommunicationsGeneticsMyelin

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract High-throughput quantification of oligodendrocyte myelination is a challenge that, if addressed, would facilitate the development of therapeutics to promote myelin protection and repair. Here, we established a high-throughput method to assess oligodendrocyte ensheathment in-vitro , combining nanofiber culture devices and automated imaging with a heuristic approach that informed the development of a deep learning analytic algorithm. The heuristic approach was developed by modeling general characteristics of oligodendrocyte ensheathments, while the deep learning neural network employed a UNet architecture and a single-cell training method to associate ensheathed segments with individual oligodendrocytes. Reliable extraction of multiple morphological parameters from individual cells, without heuristic approximations, allowed the UNet to match the accuracy of expert-human measurements. The capacity of this technology to perform multi-parametric analyses at the level of individual cells, while reducing manual labor and eliminating human variability, permits the detection of nuanced cellular differences to accelerate the discovery of new insights into oligodendrocyte physiology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,086
Score d'incertitude au seuil0,523

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,036
Tête enseignante GPT0,272
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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