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Enregistrement W2928090978 · doi:10.1016/j.devcel.2019.03.001

The Pediatric Cell Atlas: Defining the Growth Phase of Human Development at Single-Cell Resolution

2019· review· en· W2928090978 sur OpenAlexaff
Deanne Taylor, Bruce J. Aronow, Kai Tan, Kathrin M. Bernt, Nathan Salomonis, Casey S. Greene, Alina Frolova, Sarah E. Henrickson, Andrew D. Wells, Liming Pei, Jyoti K. Jaiswal, Jeffrey A. Whitsett, Kathryn E. Hamilton, Sonya A. MacParland, Judith R. Kelsen, Robert O. Heuckeroth, S. Steven Potter, Laura A. Vella, Natalie A. Terry, Louis R. Ghanem, Benjamin C. Kennedy, Ingo Helbig, Kathleen E. Sullivan, Leslie Castelo‐Soccio, Arnold Kreigstein, Florian Herse, Martijn C. Nawijn, Gerard H. Koppelman, Melissa Haendel, Nomi L. Harris, Jo Lynne Rokita, Yuanchao Zhang, Aviv Regev, Orit Rozenblatt–Rosen, Jennifer Rood, Timothy L. Tickle, Roser Vento‐Tormo, Saif Alimohamed, Monkol Lek, Jessica C. Mar, Kathleen M. Loomes, David M. Barrett, Prech Uapinyoying, Alan H. Beggs, Pankaj B. Agrawal, Yi-Wen Chen, Amanda B. Muir, Lana X. Garmire, Scott B. Snapper, Javad Nazarian, Steven H. Seeholzer, Hossein Fazelinia, Larry N. Singh, Robert B. Faryabi, Pichai Raman, Noor Dawany, Hongbo Xie, Batsal Devkota, Sharon J. Diskin, Stewart A. Anderson, Eric Rappaport, William H. Peranteau, Kathryn A. Wikenheiser‐Brokamp, Sarah A. Teichmann, Douglas C. Wallace, Tao Peng, Yangyang Ding, Man S. Kim, Yi Xing, Sek Won Kong, Carsten G. Bönnemann, Kenneth D. Mandl, Peter S. White

Notice bibliographique

RevueDevelopmental Cell · 2019
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSingle-cell and spatial transcriptomics
Établissements canadiensToronto General HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentU.S. National Library of MedicineNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Human Genome Research InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute of Mental HealthEuropean Hematology AssociationAlex's Lemonade Stand Foundation for Childhood CancerNational Cancer InstituteNational Institutes of HealthCincinnati Children's Hospital Medical CenterMuscular Dystrophy AssociationGordon and Betty Moore FoundationNational Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin DiseasesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesHoward Hughes Medical Institute
Mots-clésBiologyCellMorphogenesisComputational biologyAtlas (anatomy)Cell growthCell biologyGeneHuman Protein AtlasHuman cellHuman diseaseGeneticsEvolutionary biologyAnatomyProtein expression

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Single-cell gene expression analyses of mammalian tissues have uncovered profound stage-specific molecular regulatory phenomena that have changed the understanding of unique cell types and signaling pathways critical for lineage determination, morphogenesis, and growth. We discuss here the case for a Pediatric Cell Atlas as part of the Human Cell Atlas consortium to provide single-cell profiles and spatial characterization of gene expression across human tissues and organs. Such data will complement adult and developmentally focused HCA projects to provide a rich cytogenomic framework for understanding not only pediatric health and disease but also environmental and genetic impacts across the human lifespan.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0040,004
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,002
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,274
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations68
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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