Analysis of <i>Bt</i> S3076-1 Toxin Protein at Genome-wide Level
Notice bibliographique
Résumé
In order to systematically analyze the quantity, species and distribution of Bt toxin protein carried by Bt S3076-1 strain, gene prediction, local database blast and protein structure analysis of Bt S3076-1 strain were carried out at the genome-wide level in this research. A total of 45 candidate Bt toxin protein genes were identified in the genome of Bt S3076-1 strain. To further confirm the reliability of these Bt toxin protein genes, we analyzed the primary, secondary and tertiary structures of these candidate Bt toxin proteins. The results of physicochemical properties analysis showed that the length of these candidate Bt toxin proteins sequence ranged from 50 to 1 247 aa, the molecular weight of the proteins ranged from 6.02 to 141.55 kD, and the isoelectric point of the proteins ranged from 4.3 to 10.88. The pH of 21 proteins of these candidate Bt toxin proteins were greater than 7. The results of protein tertiary domain analysis and functional domain analysis of PFAM indicated that there were seven Cry toxin proteins containing typical 3-Domain endotoxin domains (Endotoxin_N, Endotoxin_M and delta_endotoxin_C) in Bt S3076-1 genome, four Cry toxin proteins containing atypical conserved domains (RICIN or Toxin_10, etc.), and one Vip toxin protein. Therefore, it was predicted that eleven genes encoding Cry toxin protein and one gene encoding Vip toxin protein might exist in Bt S3076-1 strain.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».