Unique features of the apoptotic endonuclease DFF40/CAD relative to micrococcal nuclease as a structural probe for chromatinThis paper is one of a selection of papers published in this Special Issue, entitled 27th International West Coast Chromatin and Chromosome Conference, and has undergone the Journal's usual peer review process.
Notice bibliographique
Résumé
The gold standard for studies of nucleosomal chromatin structure for the past 30 years has been the enzyme micrococcal nuclease (MNase). During the course of our studies on the elucidation of the mechanism of action of the apoptotic nuclease DNA fragmentation factor-40 / caspase-activated deoxyribonuclease (DFF40/CAD) on naked DNA and chromatin substrates, it became clear that this enzyme is superior in certain respects to MNase for studying several aspects of chromatin structure. Here we review our published results supporting this statement. Relative to MNase, we have found that DFF40/CAD has the following properties: (i) it does not cut within nucleosomes to generate subnucleosomal DNA fragments; (ii) it is more specific for the linker regions between nucleosomes; (iii) it lacks exonuclease activity; (iv) it is specific for double-stranded DNA and makes exclusively double-stranded breaks; and (v) it attacks histone-H1-containing chromatin more efficiently. Taken together, these facts explain why DFF40/CAD generates sharper oligonucleosomal DNA ladders compared with those generated by MNase. We therefore recommend the following uses for DFF40/CAD for chromatin research: nucleosome isolation, chromatin-remodeling assays, repeat length measurements, and nucleosome-positioning assays along specific sequences. Other uses include footprinting assays of transcription factor positions, shearing chromatin for immunopreciptitation experiments (ChIP), and shearing DNA for recombinant DNA library preparation or for shotgun cloning for sequencing.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».