MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2933305250 · doi:10.1093/rheumatology/kez057.034

035. CANDIDATE BIOMARKERS IN ANCA-ASSOCIATED VASCULITIS IDENTIFIED USING A PROTEOMIC APPROACH

2019· article· en· W2933305250 sur OpenAlexaff
Paul A. Monach, Hemang Parikh, Laurie S. Conklin, Jesse M. Damsker, Peter C. Grayson, David Cuthbertson, Simon Carette, Nader Khalidi, Curry L. Koening, Carol A. Langford, Carol A. McAlear, Larry W. Moreland, Christian Pagnoux, Philip Seo, Ulrich Specks, Antoine G. Sreih, Steven R. Ytterberg, Eric S. Hoffman, Peter A. Merkel

Notice bibliographique

RevueLara D. Veeken · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOtitis Media and Relapsing Polychondritis
Établissements canadiensSt. Joseph's HospitalMount Sinai Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineANCA-Associated VasculitisVasculitisImmunologyInternal medicineDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Concentrations of many circulating proteins are elevated during severe, active ANCA- associated vasculitis (AAV). Finding biomarkers associated with milder disease, a more clinically relevant need, has proved challenging. In addition, some biomarkers may be directly affected by glucocorticoids. Methods: 30 patients with AAV participating in a longitudinal cohort were studied. Serum samples from 2 visits were used for this study: i) a visit during active disease and when off prednisone; and ii) a visit approximately 3 months later when in clinical remission and on prednisone. A proteomic platform (SomaLogic) was used to measure more than 1300 circulating proteins simultaneously. Wilcoxon signed rank tests were used to analyze 2000 sub-cohorts of 15 patients each resulting from 1000 permutations, with median P < 0.01 regarded as significant. Results: The cohort included 23 patients with GPA, 5 with EGPA, and 2 with MPA. Mean age was 52, and 18 were female. Thirteen were taking a non-steroid immunosuppressive drug at the time of flare, and 21 afterward. Disease activity was relatively low: physician global assessment of severity on a 0-10 scale had a mean of 3.2 (median 3, range 1-7), and only 7 patients had a “major” manifestation by BVAS/WG. Sixteen proteins were associated with active disease: MMP-12, thrombospondin-4, MIP-5, prolactin, MMP-1, FABP3, CD23/FceR, MDC/CCL22, IL-23, PAPP-A, afamin, seprase, MMP-3, RET, complement factor B, and CD5L. Of 77 proteins previously reported to be associated with active AAV, only one met criteria for a significant association in this study, and only 5 others had median P < 0.05. Conclusion: In a cohort of patients with active but relatively mild AAV, 16 serum proteins were associated with significant change after successful treatment with prednisone. Fifteen of these markers have not been reported in AAV. These proteins, all of which are measurable by commercial immunoassays, are candidates for further study in real-world cohorts of partially-treated patients with AAV and mildly active disease. Disclosures: ReveraGen is a for-profit pharmaceutical company. The three authors who are employees of ReveraGen are identified. The other authors do not have a financial interest in ReveraGen. This work was sponsored by the Vasculitis Clinical Research Consortium and received support from the National Institutes of Health (U54 AR057319, RC1 AR 058303, P60 AR047785, and N01 AI15416) and from ReveraGen.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,221
Score d'incertitude au seuil0,845

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,257
Écart entre enseignants0,243 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueLara D. VeekenMême sujetOtitis Media and Relapsing PolychondritisTravaux en français237 207