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Enregistrement W2934308277 · doi:10.1093/rheumatology/kez059.016

139. UTILIZATION OF CANADIAN HEALTHCARE ADMINISTRATIVE DATABASES TO ACCURATELY IDENTIFY CASES OF ANCA-ASSOCIATED VASCULITIS

2019· article· en· W2934308277 sur OpenAlexaffabout
Stephanie Garner, David Massicotte-Azarnio, Amber O. Molnar, Nader Khalidi, Michael Walsh

Notice bibliographique

RevueLara D. Veeken · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueVasculitis and related conditions
Établissements canadiensSt. Joseph’s Healthcare HamiltonUniversity of OttawaSt. Joseph's HospitalMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMedicineANCA-Associated VasculitisVasculitisHealth careDatabaseDermatologyIntensive care medicineInternal medicineDisease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: ANCA-associated vasculitis (AAV) is a group of diseases that include granulomatosis with polyangiitis (GPA), eosinophilic granulomatosis with polyangiitis (EGPA) and microscopic polyangiitis (MPA). Given the rarity of these multisystem autoimmune diseases they are difficult to study. Large healthcare administrative databases provide a unique opportunity to address this. In Ontario, Canada, a province with over 14 million people, there is a single provincial healthcare database. Local hospitals assign an ICD10 code to discharges and upload data to this provincial system. To date there has been no validation of the ICD10. Our objective was to validate local coding to determine if searching the provincial system by ICD10 code would result in patients being identified correctly. Methods: Validation at hospital level was done by searching Hamilton Health Sciences and St. Joseph’s Healthcare administrative databases from 2011 to 2017. The databases were searched for: AAV (GPA, MPA or eGPA), arteritis, polyarteritis nodosa, giant cell arteritits, and nephritis. When patients had multiple visits one was selected randomly for review. Two algorithms were developed to identify patients. The first (algorithm one) used ICD10 coding alone. The second (algorithm two) combined ICD10 codes with ANCA serology. Chart review was completed to confirm or refute the diagnosis of AAV. Results: A search of the hospital databases led to 417 unique patients being identified. In the sample 52.0% had AAV (GPA n = 112, MPA n = 88, and eGPA n = 15). Using algorithm one, 113 patients (89%) were coded correctly as having AAV with the algorithm having a sensitivity of 52.6% (CI 46.0-59.2%), specificity of 93.1% (CI 88.6-96.2%), and a positive predictive value (PPV) of 89.0% (CI 82.7-93.2%). Patients who were incorrectly coded were most commonly coded as arteritis (30.7%). Table 1 details the accuracy of algorithm one for each type of AAV. Algorithm two, which included ANCA status, improved sensitivity to 98.6% (CI 96.0-99.7) at the expense of reducing specificity to 85.6% (CI 80.0-90.2%). Conclusion: Our results show that the specificity of the ICD10 coding for AAV is quite high. The sensitivity however is quite low, particularly for identifying patients with MPA. Combining ANCA serology with ICD10 coding improved this. Disclosures: None Accuracy of Coding Using ICD10 CI (Confidence interval)

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,029
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,035
Score d'incertitude au seuil0,172

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,029
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0110,016
Études des sciences et des technologies0,0020,000
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0040,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,122
Tête enseignante GPT0,374
Écart entre enseignants0,253 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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