Digital <i>Fusion-Gene</i> expression profiling in acute leukemia (AL): Clinical validation of throughput molecular technology in laboratory medicine.
Notice bibliographique
Résumé
7066 Background: AL is a heterogenous and aggressive disease with dismal prognosis. Chromosomal translocations constitute the basis of current WHO classification and are central to AL pathogenesis. FISH technique is utilized to detect variable translocations for patient prognosis and therapy selection. It is a labor intensive and expensive technique, which may not support rapidly expanding scope of additional translocations of clinical importance in AL patients. Hence, throughput automated technologies may play a critical in the management of AL patients. Methods: Nanostring platform utilizes a novel digital color-coded automated technology that is based on direct multiplexed measurement of gene expression. The “nCounter Leukemia Fusion Gene Expression Assay Kit” allows profiling a comprehensive set of 25 fusion genes that result from balanced translocations in AL. It also includes probes for 12 clinically proven AL-related biomarkers. RNA extracted from FFPE tissue from 50 AL patients with known balanced chromosomal translocations and validated the fusion gene expression on this platform. Results: We observed highly significant concordance between Nanostring fusion gene results with FISH data in various translocation such as t(9;22) (BCR-ABL); t(15;17) PML-RARA; t(8;21) (AML-ETO); t(4;11) (MLL-AF4) and Inv(16) (CBFB-MYH11) (P< 0.05). Nanostring technology failed to validate fusion gene transcript in patients with t(12;21) (TEL-AML). High expression of BAALC, a prognostic biomarker associated with poor outcome in AL patients was noted in t(9;22) (58%), t(15;17) (12%), t(4;11) (50%), t(12, 21) (20%), t(8;21) (20% ) and Inv(16) (63%). Conclusions: We have validated the application of automated throughput technology for AL patients in a clinical laboratory. Our study provides an efficient, viable and economical solution for the rapidly expanding molecular repertoire of laboratory testing for AL patients, which is critical to determine prognosis and select effective therapy. This approach also provides a promise to seamlessly incorporate newly discovered (up to 800) targets of diagnostic and prognostic importance on this digital platform.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».