The role of computer-assisted structure elucidation (CASE) programs in the structure elucidation of complex natural products
Notice bibliographique
Résumé
Covering: up to the end of December, 2018 There are still a disturbing number of incorrect natural product structure elucidations reported in the literature. The use of Computer-Assisted Structure Elucidation (CASE) programs can minimize this risk by generating all structures that are consistent with the input data and by ranking these structures in order of probability. They can successfully determine structures for complex natural products, with the possible exception of compounds with very few protons. Current CASE programs utilize mainly 2D COSY and HMBC correlation data for structure generation with a starting assumption that all observed peaks are due to pairs of atoms no more than 3 bonds apart. We discuss these assumptions and the problems that occur when they are violated. We also discuss the advantages and disadvantages of other types of 2D data that could be included at the structure generation stage. Four different CASE programs are described with particular emphasis on how they deal with the presence of longer range correlation peaks. These programs provide only planar skeletal structures. However, a new program that relies on different types of stereospecific NMR data to determine 3D structures is also described. Other types of computer assistance for structure elucidation are discussed, including the increasing use of theoretical DFT calculations to determine 3D structures and to predict chemical shifts. Finally, we suggest possible improvements in these programs and suggest that a challenge match between the developers of current CASE programs would be useful.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».