Ancient landscapes of the Namib Desert harbor high levels of genetic variability and deeply divergent lineages for Collembola
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim To assess spatial patterns of genetic and species‐level diversity for Namib Desert Collembola using mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene sequences. Location Namib Desert gravel plains. Taxon Collembola (springtails). Methods A total of 77 soil samples were collected along NE‐SW (60 km) and E‐W (160 km) transects from within a 4,000 km2 area of the Namib Desert gravel plains. We extracted 434 springtails from the 37 samples which contained Collembola and sequenced them at the COI gene locus. In the absence of specific taxonomic keys and previous genetic data for these taxa, we used Generalized Mixed Yule Coalescent (GMYC) analyses to provide putative species‐level designations. Results We obtained 341 successful COI sequences, 175 of which were unique haplotypes. GMYC analyses identified 30 putative species, with up to 28% sequence divergence (uncorrected p‐distance). The distribution of genetic variants was disjunct, with 97% of haplotypes and 70% of “GMYC species” found only at single sites. Main conclusions Dispersal events, although rare, may be facilitated by environmental events such as prevailing onshore winds or occasional flow of rainwater to the coast. We conclude that the high genetic diversity we observed is the result of ancient springtail lineages, patchy distribution of suitable habitats, and limited dispersal (gene flow) among habitable locations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».