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Enregistrement W2939288834 · doi:10.1210/js.2019-00064

Cytogenetic, Genomic, and Functional Characterization of Pituitary Gonadotrope Cell Lines

2019· article· en· W2939288834 sur OpenAlexafffund
Frederique Ruf-Zamojski, Yongchao Ge, Hanna Pinças, Jidong Shan, Yinghui Song, Nika Hines, Kevin A. Kelley, Cristina Montagna, Pranav Nair, Chirine Toufaily, Daniel J. Bernard, Pamela L. Mellon, Venugopalan D. Nair, Judith L. Turgeon, Stuart C. Sealfon

Notice bibliographique

RevueJournal of the Endocrine Society · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and Clinical Aspects of Sex Determination and Chromosomal Abnormalities
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institutes of HealthNational Cancer InstituteNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesIcahn School of Medicine at Mount SinaiNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaNational Institute of Environmental Health SciencesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésBiologyKaryotypeGeneticsMolecular biologyMicrosatelliteChromosomeGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

LbT2 and aT3-1 are important, widely studied cell line models for the pituitary gonadotropes that were generated by targeted tumorigenesis in transgenic mice. LbT2 cells are more mature gonadotrope precursors than aT3-1 cells. Microsatellite authentication patterns, chromosomal characteristics, and their intercellular variation have not been reported. We performed microsatellite and cytogenetic analysis of both cell types at early passage numbers. Short tandem repeat (STR) profiling was consistent with a mixed C57BL/6J 3 BALB/cJ genetic background, with distinct patterns for each cell type. Spectral karyotyping in aT3-1 cells revealed cell-to-cell variation in chromosome composition and pseudodiploidy. In LbT2 cells, chromosome counting and karyotyping demonstrated pseudotriploidy and high chromosomal variation among cells. Chromosome copy number variation was confirmed by single-cell DNA sequencing. Chromosomal compositions were consistent with a male sex for aT3-1 and a female sex for LbT2 cells. Among LbT2 stocks used in multiple laboratories, we detected two genetically similar but distinguishable lines via STR authentication, LbT2a and LbT2b. The two lines differed in morphological appearance, with LbT2a having significantly smaller cell and nucleus areas. Analysis of immediate early gene and gonadotropin subunit gene expression revealed variations in basal expression and responses to continuous and pulsatile GnRH stimulation. LbT2a showed higher basal levels of Egr1, Fos, and Lhb but lower Fos induction. Fshb induction reached significance only in LbT2b cells. Our study highlights the heterogeneity in gonadotrope cell line genomes and provides reference STR authentication patterns that can be monitored to improve experimental reproducibility and facilitate comparisons of results within and across laboratories.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,406
Score d'incertitude au seuil0,202

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,212
Écart entre enseignants0,205 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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