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Enregistrement W2939445306 · doi:10.1002/bit.26989

Whole‐bacterium ribosome display selection for isolation of highly specific anti‐<i>Staphyloccocus aureus</i> Affitins for detection‐ and capture‐based biomedical applications

2019· article· en· W2939445306 sur OpenAlexfundno aff
Ghislaine Béhar, Axelle Renodon‐Cornière, Stanimir Kambarev, Petar Vukojicic, Nathalie Caroff, Stéphane Corvec, Barbara Mouratou, Frédéric Pecorari

Notice bibliographique

RevueBiotechnology and Bioengineering · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueBacteriophages and microbial interactions
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCentre National de la Recherche ScientifiqueInstitut National de la Recherche AgronomiqueAgence Nationale de la RechercheInstitut national de la recherche scientifique
Mots-clésStaphylococcus aureusPhage displayBacteriaAntibodyThermostabilityBiologyComputational biologyDot blotMicrobiologyChemistryBiochemistryGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Detection and capture methods using antibodies have been developed to ensure identification of pathogens in biological samples. Though antibodies have many attractive properties, they also have limitations and there are needs to expand the panel of available affinity proteins with different properties. Affitins, that we developed from the Sul7d proteins, are a solid class of affinity proteins, which can be used as substitutes to antibodies or to complement them. We report the generation and characterization of antibacterial Affitins with high specificity for Staphylococcus aureus . For the first time, ribosome display selections were carried out using whole‐living‐cell and naïve combinatorial libraries, which avoid production of protein targets and immunization of animals. We showed that Affitin C5 exclusively recognizes S. aureus among dozens of strains, including clinical ones. C5 binds staphylococcal Protein A (SpA) with a K D of 108 ± 2 nM and has a high thermostability ( T m = 77.0°C). Anti‐ S. aureus C5 binds SpA or bacteria in various detection and capture applications, including ELISA, western blot analysis, bead‐fishing, and fluorescence imaging. Thus, novel anti‐bacteria Affitins which are cost‐effective, stable, and small can be rapidly and fully designed in vitro with high affinity and specificity for a surface‐exposed marker. This class of reagents can be useful in diagnostic and biomedical applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,293
Score d'incertitude au seuil0,436

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,004
Tête enseignante GPT0,197
Écart entre enseignants0,193 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations15
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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