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Enregistrement W2939897467 · doi:10.1016/j.mex.2019.04.010

RELi protocol: Optimization for protein extraction from white, brown and beige adipose tissues

2019· article· en· W2939897467 sur OpenAlexafffund
Roberto Diaz-Marin, Sergio Crespo‐Garcia, Ariel M. Wilson, Przemysław Sapieha

Notice bibliographique

RevueMethodsX · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdipose Tissue and Metabolism
Établissements canadiensUniversité de MontréalHôpital Maisonneuve-Rosemont
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchHeart and Stroke Foundation of CanadaDiabetes CanadaUniversité de MontréalCanadian Diabetes AssociationNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaFoundation Fighting Blindness
Mots-clésAdipose tissueWestern blotWhite adipose tissueBiologyProtein purificationExtraction (chemistry)BioinformaticsComputational biologyCell biologyChemistryBiochemistryChromatography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Global obesity rates have reached pandemic proportions, increasing the risk of metabolic complications for hundreds of millions of individuals worldwide. Gaining insight on adipose tissue biology and understanding how fat pads behave during obesity is critical to investigate metabolic syndromes. Elucidation of cellular signaling pathways engaged by adipose tissue both in health and disease requires standardized protocols for protein extraction that yield consistently pure samples. A recurrent problem of currently available protocols is lipid or detergent contamination in extracted protein samples, which renders protein quantification inaccurate and, as a consequence, consistency and reproducibility of protein loading become unreliable. To overcome this problem, we improved the process of adipose tissue protein extraction by improving tissue lysis and decreasing lipid contamination. Here we describe the Removal of Excess Lipids (RELi) protocol to obtain increased yields of total proteins extracted from adipose tissue. The RELi protocol allows accurate and reproducible adipose tissue sample preparation for Western blot analysis and other investigative techniques requiring adipose tissue-derived proteins.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,022
Score d'incertitude au seuil0,072

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0020,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0030,001
Intégrité de la recherche0,0010,004
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0220,023

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,033
Tête enseignante GPT0,369
Écart entre enseignants0,336 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations24
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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