Conformational Motions Impacting Function in an Enzyme Superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Correlation between conformational dynamics and enzyme function has been well established for discrete enzyme systems. However, approaches for characterizing dynamical properties across diverse sequence homologs within a family and their correlation with enzyme activity remain challenging. Members of the pancreatic‐type ribonuclease (ptRNase) superfamily share similarities in structure and fold, but display large variations in conformational dynamics, catalytic efficiencies, and tissue specific biological activities, making them ideal model systems for probing the relationship between conformational motions and function. As a step towards determining the relationship between dynamics, catalytic mechanism and catalytic efficiency for various members of this broad vertebrate family, we have performed the systematic characterization of the intrinsic dynamics of over twenty RNases with experimentally solved structures over a wide range of time‐scales by integrating molecular dynamics simulations and NMR relaxation dispersion experiments. Our results show distinct patterns of dynamical variations between the canonical RNases clustered on taxonomic groups. We show that conformational motions on the catalytically relevant micro‐ to milli‐second timescale are significantly different for RNases sharing a common fold. Interestingly, sequences sharing similar conformational exchange on the catalytic timescale also share similar biological functions. These results suggest that selective pressure for the conservation of specific atomic‐scale dynamical behaviors, among other factors, may potentially impact distinct biological functions within the same fold. Further experiments are required to characterize this correlation between conserved dynamical properties and biological function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».