Whole-Genome Analyses Resolve the Phylogeny of Flightless Birds (Palaeognathae) in the Presence of an Empirical Anomaly Zone
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Palaeognathae represent one of the two basal lineages in modern birds, and comprise the volant (flighted) tinamous and the flightless ratites. Resolving palaeognath phylogenetic relationships has historically proved difficult, and short internal branches separating major palaeognath lineages in previous molecular phylogenies suggest that extensive incomplete lineage sorting (ILS) might have accompanied a rapid ancient divergence. Here, we investigate palaeognath relationships using genome-wide data sets of three types of noncoding nuclear markers, together totaling 20,850 loci and over 41 million base pairs of aligned sequence data. We recover a fully resolved topology placing rheas as the sister to kiwi and emu + cassowary that is congruent across marker types for two species tree methods (MP-EST and ASTRAL-II). This topology is corroborated by patterns of insertions for 4274 CR1 retroelements identified from multispecies whole-genome screening, and is robustly supported by phylogenomic subsampling analyses, with MP-EST demonstrating particularly consistent performance across subsampling replicates as compared to ASTRAL. In contrast, analyses of concatenated data supermatrices recover rheas as the sister to all other nonostrich palaeognaths, an alternative that lacks retroelement support and shows inconsistent behavior under subsampling approaches. While statistically supporting the species tree topology, conflicting patterns of retroelement insertions also occur and imply high amounts of ILS across short successive internal branches, consistent with observed patterns of gene tree heterogeneity. Coalescent simulations and topology tests indicate that the majority of observed topological incongruence among gene trees is consistent with coalescent variation rather than arising from gene tree estimation error alone, and estimated branch lengths for short successive internodes in the inferred species tree fall within the theoretical range encompassing the anomaly zone. Distributions of empirical gene trees confirm that the most common gene tree topology for each marker type differs from the species tree, signifying the existence of an empirical anomaly zone in palaeognaths.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle