Downregulation of CYB5D2 is associated with breast cancer progression
Notice bibliographique
Résumé
We report here that CYB5D2 is associated with tumor suppression function in breast cancer (BC). CYB5D2 expression was significantly reduced in tamoxifen resistant MCF7 cells and in MCF7 cell-derived xenografts treated with TAM. CYB5D2 overexpression induced apoptosis in MCF7 cells; CYB5D2 knockdown enhanced MCF7 cell proliferation. Using the TCGA and Curtis datasets within the Oncomine database, CYB5D2 mRNA expression was downregulated in primary BCs vs breast tissues and HER2-positive or triple negative BCs vs estrogen receptor (ER)-positive BCs. Using the TCGA and Metabric datasets (n = 817 and n = 2509) within cBioPortal, 660 and 4891 differentially expressed genes (DEGs) in relation to CYB5D2 were identified. These DEGs were enriched in pathways governing cell cycle progression, progesterone-derived oocyte maturation, oocyte-meiosis, estrogen-mediated S-phase entry, and DNA metabolism. CYB5D2 downregulation decreased overall survival (OS, p = 0.0408). A CYB5D2-derived 21-gene signature was constructed and robustly correlated with OS shortening (p = 5.72e-12), and independently predicted BC deaths (HR = 1.28; 95% CI 1.08-1.52; p = 0.004) once adjusting for known clinical factors. CYB5D2 reductions displayed relationship with mutations in PIK3CA, GATA3, MAP3K1, CDH1, TP53 and RB1. Impressively, 85% (560/659) of TP53 mutations occurred in the 21-gene signature-positive BC. Collectively, we provide the first evidence that CYB5D2 is a candidate tumor suppressor of BC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».