Whole exome sequencing reveals mutations in FAT1 tumor suppressor gene clinically impacting on peripheral T-cell lymphoma not otherwise specified
Notice bibliographique
Résumé
Peripheral T-cell lymphoma not otherwise specified represents a diagnostic category comprising clinically, histologically, and molecularly heterogeneous neoplasms that are poorly understood. The genetic landscape of peripheral T-cell lymphoma not otherwise specified remains largely undefined, only a few sequencing studies having been conducted so far. In order to improve our understanding of the genetics of this neoplasm, we performed whole exome sequencing along with RNA-sequencing in a discovery set of 21 cases. According to whole exome sequencing results and mutations previously reported in other peripheral T-cell lymphomas, 137 genes were sequenced by a targeted deep approach in 71 tumor samples. In addition to epigenetic modifiers implicated in all subtypes of T-cell neoplasm (TET2, DNMT3A, KMT2D, KMT2C, SETD2), recurrent mutations of the FAT1 tumor suppressor gene were for the first time recorded in 39% of cases. Mutations of the tumor suppressor genes LATS1, STK3, ATM, TP53, and TP63 were also observed, although at a lower frequency. Patients with FAT1 mutations showed inferior overall survival compared to those with wild-type FAT1. Although peripheral T-cell lymphoma not otherwise specified remains a broad category also on molecular grounds, the present study highlights that FAT1 mutations occur in a significant proportion of cases, being provided with both pathogenetic and prognostic impact.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».