NAD<sup>+</sup>-dependent RNA terminal 2′ and 3′ phosphomonoesterase activity of a subset of Tpt1 enzymes
Notice bibliographique
Résumé
The enzyme Tpt1 removes the 2′-PO 4 at the splice junction generated by fungal tRNA ligase; it does so via a two-step reaction in which (i) the internal RNA 2′-PO 4 attacks NAD + to form an RNA-2′-phospho-ADP-ribosyl intermediate; and (ii) transesterification of the ribose O2″ to the 2′-phosphodiester yields 2′-OH RNA and ADP-ribose-1″,2″-cyclic phosphate products. The role that Tpt1 enzymes play in taxa that have no fungal-type RNA ligase remains obscure. An attractive prospect is that Tpt1 enzymes might catalyze reactions other than internal RNA 2′-PO 4 removal, via their unique NAD + -dependent transferase mechanism. This study extends the repertoire of the Tpt1 enzyme family to include the NAD + -dependent conversion of RNA terminal 2′ and 3′ monophosphate ends to 2′-OH and 3′-OH ends, respectively. The salient finding is that different Tpt1 enzymes vary in their capacity and positional specificity for terminal phosphate removal. Clostridium thermocellum and Aeropyrum pernix Tpt1 proteins are active on 2′-PO 4 and 3′-PO 4 ends, with a 2.4- to 2.6-fold kinetic preference for the 2′-PO 4 . The accumulation of a terminal 3′-phospho-ADP-ribosylated RNA intermediate during the 3′-phosphotransferase reaction suggests that the geometry of the 3′-p-ADPR adduct is not optimal for the ensuing transesterification step. Chaetomium thermophilum Tpt1 acts specifically on a terminal 2′-PO 4 end and not with a 3′-PO 4 . In contrast, Runella slithyformis Tpt1 and human Tpt1 are ineffective in removing either a 2′-PO 4 or 3′-PO 4 end.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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