Comparison of temperate bacteriophages of Pseudomonas aeruginosa from the lungs of chronically infected non-cystic fibrosis bronchiectasis patients over a period 10 years
Notice bibliographique
Résumé
The accessory genome of Pseudomonas aeruginosa (PA), is frequently perceived insignificant compared to the core genome, however typically contains temperate bacteriophage (phage) genomes that effect the bacterial host. PA presence in chronically infected lungs correlates with loss of lung function particularly in cystic fibrosis (CF) and non-CF bronchiectasis (nCFBR). This study focuses on isolates from chronically infected nCFBR patients isolated over a decade, shedding light on how temperate phages change over the course of a chronic infection with antibiotic treatment. As temperate phages insert themselves into the bacterial genome they also have the ability to cause genetic diversity to their host’s genome, which drives evolution at an increased rate. By analysing the PA genomes isolated from the chronically infected lungs of patients over a period of 10 years. It was possible to predict the temperate phages in the genomes as well as induce the phages from the bacteria and sequence them. This then identifies which phages are rooted within the genome and which are inducible and therefore may transfer, granting horizontal gene transfer between strains in the lungs. The aim of this study is to ascertain whether by comparing the phages longitudinally and horizontally (when multiple strains were seen within a sample) it is possible to determine if these phage have a role in the PA infection within the lungs becoming chronic. This may also give an idea to why these PA infections are chronic and are so hard to clear from the lung, which is yet unknown.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,011 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».