EPAS 1, congenital heart disease, and high altitude: disclosures by genetics, bioinformatics, and experimental embryology
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The high-altitude environment is a challenge for human settlement. Low oxygen concentrations, extreme cold, and a harsh arid climate are doubtlessly challenges for the colonization of the Tibetan plateau. I am delighted to comment on the article of Pan et al. (2018) on mutations in endothelial PAS domain-containing protein 1 (EPAS1) in congenital heart disease in Tibetans. In humans, the EPAS1 gene is responsible for coding EPAS1 protein, an alias of which is HIF2α, an acronym for hypoxia-inducible factor 2 alpha. EPAS1 is a type of hypoxia-inducible factors, which are collected as a group of transcription factors involved in body response to oxygen level. EPAS1 gene is active under hypoxic conditions and plays an essential role in the development of the heart and in the management of the catecholamine balance, mutations of which have been identified in neuroendocrine tumors. In this article, Pan et al. investigated Tibetan patients with and without non-syndromic congenital heart disease. They identified two novel EPAS1 gene mutations, of which N203H mutation significantly affected the transcription activity of the vascular endothelial growth factor (VEGF) promoter, particularly in situations of hypoxia. VEGF is a downstream target of HIF-2 (other than HIF-1), and the expression levels of either HIF-1α or HIF-2α correlate positively to VEGF expression. Pan et al.’s data may be of incitement to further evaluate protein–protein interaction and using experimental animal models. Moreover, it may also be a stimulus for setting up genetic epidemiologic studies for other populations living at high altitudes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,032 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,019 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».