Redefining a new genomic blueprint of the human gut microbiota
Notice bibliographique
Résumé
The human gut microbiota composition is linked to both health and disease, but knowledge of individual microbial species is needed to decipher their biological role. Despite extensive culturing and sequencing efforts, the complete bacterial repertoire of the human gut microbiota remains undefined. Here we identify 1952 uncultured candidate bacterial species by reconstructing 92 143 metagenome-assembled genomes from 11 850 human gut microbiomes. These uncultured genomes substantially expand the known species repertoire of the collective human gut microbiota, with a 281 % increase in phylogenetic diversity. Whilst the newly identified species are less prevalent in well-studied populations compared to reference isolate genomes, they improve classification of understudied African and South American samples by over 200 %. These candidate species encode hundreds of novel biosynthetic gene clusters and possess a distinctive functional capacity that might explain their elusive nature. We also highlight newly identified species overrepresented in patients with gastrointestinal diseases, suggesting an underappreciated role in human health and disease. Our work uncovers the uncultured gut bacterial diversity, providing unprecedented resolution for taxonomic and functional characterization of the intestinal microbiota.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».