Genetic Analysis of Powassan virus Genotypes Circulating in North America [University of Findlay]
Notice bibliographique
Résumé
Powassan virus (POWV), a tick-borne flavivirus, is the only member of the tick-borne encephalitis serogroup found in North America. Two distinct lineages, prototype lineage (POWV, lineage I) and deer tick virus (DVT, lineage II) are maintained in enzootic transmission cycles by different tick species based on different geographical regions. In North America, Ixodes scapularis acts as the primary vector throughout the Northeast, and Ixodes cookei throughout the Midwest and much of Canada. Importantly, the incidence of human disease due to POWV has increased by 671% over the last 18 years; with DVT perhapes being the most worrisome genotype due to the wide spread range and prevalence of the vector species. The aim of this study is to assess the evolutionary dynamics of the POWV/DTV complex using the most current full-genome, envelope, and 3’UTR sequences available. Bayesian phylogenetic inferences support the two distinct, monophyletic lineages corresponding to POWV and DTV. Additional analysis were performed in order to quantify the degree to which viral phenotypic characters (such as geographic location, and host species utilization) are correlated with shared ancestry within the two different genotypes. The results of this phylogeny-trait correlation analysis suggest significant clustering of viral sequence by sample location. Such in situ evolution is compatible with the relatively limited distances traveled by most ticks and their prefered host species. Lastly, genetic recombination analysis shows no evidence of between genotype recombination, however further analysis needs to be conducted using within genotype recombination analysis as recombination events may be restricted to only closely genetically related viruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».