Species-specific qPCR assays allow for high-resolution population assessment of four species avian schistosome that cause swimmer's itch in recreational lakes
Notice bibliographique
Résumé
Swimmer's itch is an allergic condition that occurs when the motile and infectious stage of avian schistosomes penetrate the skin of an individual. Flatworm parasites that cause swimmer's itch belong to the family Schistosomatidae. They utilize a variety of different species of bird and mammal as definitive hosts, and rely on different species of snail, in which they complete their larval development to culminate in a motile, aquatic, infectious stage called a cercaria. Recently, qPCR-based assays have been developed to monitor for swimmer's itch-causing trematodes in recreational water. This environmental DNA approach has been useful for quantifying the abundance of the free-living cercaria, the causative agent of swimmer's itch. However, the existing qPCR test amplifies from all known schistosome species, making it excellent for assessing a site for swimmer's itch potential, but not useful in determining the specific species contributing to swimmer's itch or the likely hosts (snail and bird) of the swimmer's itch-causing parasites. Thus, species-specific resolution built into a qPCR test would be useful in answering ecological questions about swimmer's itch cause, and efficacy of control efforts. This paper details bird, snail, and cercaria surveys conducted in the summer of 2018, that culminated in the development and deployment of four species-specific qPCR assays, capable of detecting Trichobilharzia stagnicolae, Trichobilharzia szidati, Trichobilharzia physellae, and Anserobilharzia brantae in recreational water. These assays were used to assess the relative abundance of each parasite in water samples collected from lakes in Northern Michigan.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».