Can Species Distribution Models Predict Colonizations and Extinctions?
Notice bibliographique
Résumé
Aim MaxEnt, a very popular species distribution modelling technique, has been used extensively to relate species’ geographic distributions to environmental variables and to predict changes in species’ distributions in response to environmental change. Here, we test its predictive ability through time (rather than through space, as is commonly done) by modeling colonizations and extinctions. Location Continental U.S. and southern Canada. Time period 1979-2009 Major taxa studied Twenty-one species of passerine birds. Methods We used MaxEnt to relate species’ geographic distributions to the variation in environmental conditions across North America. We then modelled site-specific colonizations and extinctions between 1979 and 2009 as functions of MaxEnt-estimated previous habitat suitability and inter- annual change in habitat suitability and neighborhood occupancy. We evaluated whether the effects were in the expected direction, we partitioned model’s explained deviance, and we compared colonization and extinction model’s accuracy to MaxEnt’s AUC. Results IV Colonization and extinction probabilities both varied as functions of previous habitat suitability, change in habitat suitability, and neighborhood occupancy, in the expected direction. Change in habitat suitability explained very little deviance compared to other predictors. Neighborhood occupancy accounted for more explained deviance in colonization models than in extinction models. MaxEnt AUC correlates with extinction models’ predictive ability, but not with that of colonization models. Main conclusions MaxEnt appears to sometime capture a real effect of the environment on species’ distributions since a statistical effect of habitat suitability is detected through both time and space. However, change in habitat suitability (which is much smaller through time than through space) is a poor predictor of change in occupancy. Over short time scales, proximity of sites occupied by conspecifics predicts changes in occupancy just as well as MaxEnt. The ability of MaxEnt models to predict spatial variation in occupancy (as measured by AUC) gives little indication of transferability through time. Thus, the predictive value of species distribution models may be overestimated when evaluated through space only. Future prediction of species’ responses to climate change should make a distinction between colonization and extinction, recognizing that the two processes are not equally well predicted by SDMs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,039 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».