Establishing reference samples for detection of somatic mutations and germline variants with NGS technologies
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We characterized two reference samples for NGS technologies: a human triple-negative breast cancer cell line and a matched normal cell line. Leveraging several whole-genome sequencing (WGS) platforms, multiple sequencing replicates, and orthogonal mutation detection bioinformatics pipelines, we minimized the potential biases from sequencing technologies, assays, and informatics. Thus, our “truth sets” were defined using evidence from 21 repeats of WGS runs with coverages ranging from 50X to 100X (a total of 140 billion reads). These “truth sets” present many relevant variants/mutations including 193 COSMIC mutations and 9,016 germline variants from the ClinVar database, nonsense mutations in BRCA1/2 and missense mutations in TP53 and FGFR1. Independent validation in three orthogonal experiments demonstrated a successful stress test of the truth set. We expect these reference materials and “truth sets” to facilitate assay development, qualification, validation, and proficiency testing. In addition, our methods can be extended to establish new fully characterized reference samples for the community.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,013 | 0,024 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».