Dissecting R gene and host genetic background effect on the Brassica napus defense response to Leptosphaeria maculans
Notice bibliographique
Résumé
While our understanding of the genetics underlying the Brassica-Leptosphaeria pathosystem has advanced greatly in the last decade, differences in molecular responses due to interaction between resistance genes and host genetic background has not been studied. We applied RNAseq technology to monitor the transcriptome profiles of Brassica napus (Bn) lines carrying one of four blackleg R genes (Rlm2, Rlm3, LepR1 & LepR2) in Topas or Westar background, during the early stages of infection by a Leptosphaeria maculans (Lm) isolate carrying the corresponding Avr genes. We observed upregulation of host genes involved in hormone signalling, cell wall thickening, response to chitin and glucosinolate production in all R gene lines at 3 day after inoculation (dai) albeit having higher level of expression in LepR1 and Rlm2 than in Rlm3 and LepR2 lines. Bn-SOBIR1 (Suppressor Of BIR1-1), a receptor like kinase (RLK) that forms complex receptor like proteins (RLPs) was highly expressed in LepR1 and Rlm2 at 3 dai. In contrast Bn-SOBIR1 induction was low in Rlm3 line, which could indicate that Rlm3 may function independent of SOBIR1. Expression of Salicylic acid (SA) related defense was enhanced in LepR1 and Rlm2 at 3 dai. In contrast to SA, expression of Bn genes with homology to PDF1.2, a jasmonic acid (JA) pathway marker, were increased in all Rlm and LepR lines at 6 and 9 dai. Effect of host genetic background on induction of defense, was determined by comparison of LepR1 and LepR2 in Topas vs Westar genotype (i.e. T-LepR1 vs W-LepR1 and T-LepR2 vs W-LepR2). In both cases (regardless of R gene) overall number of defense related genes at the earliest time point (3 dai) was higher in Tops compared to Westar. SA and JA markers genes such as PR1 and PDF1.2 were more induced in Topas compared to Westar introgression lines at this time point. Even in the absence of any R gene, effect of Topas genotype in enhanced defense, was also evident by the induction of PDF1.2 that started at a low level at 3 dai and peaked at 6 and 9 dai, while no induction in Westar genotype was observed at any of these time points. Overall, variation in time and intensity of expression of genes related to defense, was clearly dependent on both R gene and the host genotype.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».