A method for filamentous fungal growth and sample preparation aimed at more consistent MALDI-TOF MS spectra despite variations in growth rates and/or incubation times
Notice bibliographique
Résumé
Matrix-assisted laser-desorption and ionization time-of-flight mass spectrometry can be used for the characterization and identification of filamentous fungi, for which it is desirable to have a means of growth in which the resulting spectra remain as consistent as possible over time. To this end, we initially opted for growth in oil-overlaid small-volume liquid culture, using a medium (Czapek Dox) not containing significant amount of proteins or peptides, and with protein extraction from the entire culture volume. For both 3-week and 10-day time courses, however, we observed marked spectral changes over growth time, along with lower peak richness compared to agar-plate controls. Guided by the above, we next employed a more nutrient-rich MALDI-TOF MS-compatible liquid-culture medium, now used without an oil overlay. For a 10-day time course, we again observed marked spectral changes over growth time, along with lower peak richness compared to agar-plate controls. Finally, we opted for a method employing filter-paper-supported growth in the same MALDI-TOF MS-compatible rich medium within sealed 1.5 ml Eppendorf tubes, again with protein extraction from the entire culture volume. Using this final method, while we observed significant spectral changes between 2 days and 3 days, from 3 days to 10 days the spectra remained very consistent, with comparable peak richness to agar-plate controls. This method gave slightly better identifications and lower spectral variance compared to agar-plate controls, and the use of this method for the construction of growth-time-point-specific databases for fungal identification is discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».