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Enregistrement W2943310922 · doi:10.1371/journal.pone.0216271

The problem with defining foreign birth as a risk factor in tuberculosis epidemiology studies

2019· article· en· W2943310922 sur OpenAlexafffundabout
Jennifer L. Guthrie, Lisa A. Ronald, Victoria Cook, James C. Johnston, Jennifer L. Gardy

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueTuberculosis Research and Epidemiology
Établissements canadiensBC Centre for Disease ControlUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésEpidemiologyTuberculosisRisk factorMedicineExtensively drug-resistant tuberculosisBioinformaticsMycobacterium tuberculosisBiologyInternal medicinePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: To examine how stratifying persons born outside Canada according to tuberculosis (TB) incidence in their birth country and other demographic factors refines our understanding of TB epidemiology and local TB transmission. BACKGROUND: Population-level TB surveillance programs and research studies in low incidence settings often report all persons born outside the country in which the study is conducted as "foreign-born"-a single label for a highly diverse population with variable TB risks. This may mask important TB epidemiologic trends and not accurately reflect local transmission patterns. METHODS: We used population-level data from two large cohorts in British Columbia (BC), Canada: an immigration cohort (n = 337,492 permanent residents to BC) and a genotyping cohort (n = 2290 culture-confirmed active TB cases). We stratified active TB case counts, incidence rates, and genotypic clustering (an indicator of TB transmission) in BC by birth country TB incidence, age at immigration, and years since arrival. RESULTS: Persons from high-incidence countries had a 12-fold higher TB incidence than those emigrating from low-incidence settings. Estimates of local transmission, as captured by genotyping, versus reactivation of latent TB infection acquired outside Canada varied when data were stratified by birthplace TB incidence, as did patient-level characteristics of individuals in each group, such as age and years between immigration and diagnosis. CONCLUSION: Categorizing persons beyond simply "foreign-born", particularly in the context of TB epidemiologic and molecular data, is needed for a more accurate understanding of TB rates and patterns of transmission.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,670
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,753
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMétarecherche
Catégories consensuellesMétarecherche
DomaineSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,330
Score d'incertitude au seuil0,408

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,6700,753
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0080,005
Bibliométrie0,0100,014
Études des sciences et des technologies0,0070,022
Communication savante0,0100,009
Science ouverte0,0100,010
Intégrité de la recherche0,0060,012
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,090
Tête enseignante GPT0,336
Écart entre enseignants0,246 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.

Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
DomaineMéthodes
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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