Model‐based demographic inference of introgression history in European whitefish species pairs'
Notice bibliographique
Résumé
Parallel phenotypic differentiation is generally attributed to parallel adaptive divergence as an evolutionary response to similar environmental contrasts. Such parallelism may actually originate from several evolutionary scenarios ranging from repeated parallel divergence caused by divergent selection to a unique divergence event followed by gene flow. Reconstructing the evolutionary history underlying parallel phenotypic differentiation is thus fundamental to understand the relative contribution of demography and selection on genomic divergence during speciation. In this study, we investigate the divergence history of replicate European whitefish (Coregonus lavaretus), limnetic and benthic species pairs from two lakes in Norway and two lakes in Switzerland. Demographic models accounting for semi-permeability and linked selection were fitted to the unfolded joint allele frequency spectrum built from genome-wide SNPs and compared to each other in each species pair. We found strong support for a model of asymmetrical post-glacial secondary contact between glacial lineages in all four lakes. Moreover, our results suggest that heterogeneous genomic differentiation has been shaped by the joint action of linked selection accelerating lineage sorting during allopatry, and heterogeneous migration eroding divergence at different rates along the genome following secondary contact. Our analyses reveal how the interplay between demography, selection and historical contingency has influenced the levels of diversity observed in previous whitefish phylogeographic studies. This study thus provides new insights into the historical demographic and selective processes that shaped the divergence associated with ecological speciation in European whitefish.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».