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Enregistrement W2943845189 · doi:10.1111/ejn.14430

Data visualization for inference in tomographic brain imaging

2019· article· en· W2943845189 sur OpenAlexaboutno aff
Cyril Pernet, Christopher R. Madan

Notice bibliographique

RevueEuropean Journal of Neuroscience · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésVisualizationInferenceComputer scienceNeuroimagingArtificial intelligenceTomographic reconstructionPsychologyNeuroscienceIterative reconstruction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tomographic imaging (i.e.magnetic resonance imaging [MRI], positron emission tomography [PET], X-ray computed tomography [CT]) offers a unique window in understanding structure-function relationships in the living brain.Nowadays, it is standard practice to acquire entire brain volumes and perform statistical analyses at each voxel, an approach known as statistical parametric mapping (Friston, Frith, Liddle, & Frackowiak, 1991).Because it is impossible to report the statistical results in every voxel, summary tables and figures are of importance.The choice made by authors to create such figures should however not be driven by aesthetic considerations alone but also driven by the message to convey (Rougier et al., 2014).This is not to say that beautiful figures should not be used, as more appealing figures might in fact help in remembering results (Borkin et al., 2013; Madan, 2015b).At the intersection of psychology, computer vision, graphic design and statistics, there is a field of research that looks at how to represent information and what features are beneficial or harmful in figure designs.For instance, Cleveland and McGill (1983) showed that changing the axis scaling in scatter plots can alter inference on associations between variables.Siegrist (1996) show that using perspective in pie charts, lead to falsely infer magnitude differences because the slices that are closer to the reader appear to be larger than those in the back.In general, there are recommendations for plotting the data rather than summary statistics as those summary values can be obtained with very different distributions which can preclude the use of some statistical tests (see e.g.Anscombe, 1973, for correlations or Weissgerber, Milic, Winham, & Garovic, 2015, for bar graphs).Here we discuss information provided in figures when presenting tomographic data results.Many proposals have already been made by others, what we offer is a principled way chose among those proposals and apply them.A review of articles using tomographic techniques published between January 2016 and June 2018 in the European Journal of Neuroscience (N = 30 -https ://github.com/ CPern et/MRI_FaceD ata_Wakem an-Henso n/blob/maste r/DataV iz/EJN_paper_review.csv) shows that four broad types of messages are obtained from statistical parametric ORCID

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,037
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,239
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,105
Score d'incertitude au seuil0,352

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0370,239
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0040,003
Méta-épidémiologie (sens large)0,0030,005
Bibliométrie0,0080,007
Études des sciences et des technologies0,0020,003
Communication savante0,0110,012
Science ouverte0,0070,008
Intégrité de la recherche0,0050,008
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,1050,026

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,095
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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